A műszaki és természettudományok robbanásszerű fejlődése a 19-20. század fordulóján elkerülhetetlenné tette a korábbi évtizedekben helyesen alkalmazott szakosított képzés felülvizsgálatát. 1891-ben, a pénzügyminisztérium irányelvei alapján meginduló reformmunkálatok célja, egyrészt a hazai ipar igényeihez igazodva a szakok számának kettőre csökkentése, illetve egymáshoz közelítése, másrészt a műszaki-természettudományos alaptárgyi képzés erősítése a tanulmányi idő négy esztendőre való emelésével. A minisztériumi törekvések az 1895-ös átszervezésnél - a tanári testület ellenállása következtében - még nem érvényesülhettek teljes mértékben. A tényleges reform csak 1904-ben, a főiskolai elnevezéssel egyidejűleg valósulhatott meg.

1904-ben az ősi selmeci akadémia felvette a Bányászati és Erdészeti Főiskola nevet. Választott vezetőjét ezután rektori cím illette meg. A tanszékek száma tizenhatról húszra, az oktatási idő háromról négy évre emelkedett. Négy szakon bányamérnöki, vashohómérnöhi, fémhohómérnöhi és erdőmérnöki szakon folyt a képzés.

A tantervi felépítésben a leglényegesebb a természettudományi (különösen a kémiai, földtudományi) oktatás súlyának növekedése: az 1895-ös tantervhez viszonyítva, ezek óraszáma közel megduplázódott, s a matematikai tárgyakkal együtt részesedése a teljes képzési óraszámban 40% körülire emelkedett. A selmeci főiskolán a matematika és a természettudományok óraszáma ekkor 10-30%-kal meghaladta az európai technikai főiskolák és a budapesti műegyetem hasonló óraszámait. Tovább folytatódnak az építkezések: 1912-ben átadják a kémiai intézet impozáns épületét európai szinten berendezett kutató- és oktatási laboratóriumaival, 1913-ban pedig a hasonlóan korszerű technikai fölszereltségű vaskohászati anyagvizsgáló laboratóriumot.

Az 1913/14-es tanévben a főiskolának 20 jól fölszerelt tanszéke és 580 hallgatója volt. Tandíjat nem kellett fizetni. A felsőbb évesek mintegy ötöde kapott anyagi támogatást. Az ifjúság - saját anyagi alapokkal rendelkező - jóléti intézményei: a segélyező egylet és a Mensa Academica, hathatós segítséget nyújtottak a rászorulóknak. A hallgatók közel kétötöde munkás, kisiparos és földműves szülők gyermeke volt.

Az első világháború kitörése a főiskola fölfelé ívelő pályáját törte ketté. Az anyagi támogatás lecsökkent, oktatóinak és hallgatóinak többségét hadi szolgálatra rendelték: a hallgatói létszám 100 alá süllyedt. Félszázan a harctereken vesztették életüket, s legalább ugyanannyian hadifogságba kerültek.

A nemzetközi szakmai-tudományos életben kiváló professzorok sora öregbíti a főiskola hírét: elsősorban Böckh Hugó, Vitális István, Tuzson ]ános és Fekete Lajos akadémikusok nevét említhetjük.

1918 őszén a pénzügyminisztérium rendeletére a főiskola megkezdte elköltözését Selmecbányáról.